La Loue victime au premier chef des pollutions, et non des changements morphologiques

Des chercheurs du laboratoire Chrono-Environnement CNRS-UFC (Franche-Comté) viennent de publier la synthèse de 8 ans d'études sur la Loue et ses affluents. Nous reproduisons et commentons leurs conclusions, qui imputent les dysfonctionnements écologiques des rivières comtoises en zone karstique aux excès de diverses pollutions, entraînant des proliférations précoces de végétation et des baisses de qualité d'eau. Les ouvrages en travers ne sont pas mentionnés comme cause majeure d'altération des bassins, la morphologie ayant été davantage impactée par les incisions et chenalisations (extraction de matériaux, évacuation de crue). Cela rejoint les conclusions des études de Jean Verneaux réalisées il y a déjà 40 ans, au début du phénomène. Le milieu des pêcheurs se trompe de cible sur la question de la continuité en long: les moulins étaient déjà là de longue date quand la Loue était un spot international réputé pour ses abondances de truites. 

Résumé présenté par les chercheurs 

L’étude de l’état de santé des rivières karstiques en relation avec les pressions anthropiques sur leurs bassins versants a été réalisée par le laboratoire Chrono-Environnement CNRS-UFC, co-financée par la région Bourgogne-Franche-Comté, le département du Doubs et l’agence de l’eau.

Les objectifs de ce travail, mené sur la Loue en tant que cours d’eau caractéristique et représentatif des rivières karstiques, étaient de définir l’état de la rivière, d’identifier les contaminants présents et de hiérarchiser leurs impacts.

Les dysfonctionnements écologiques mis en évidence dans la Loue sont induits principalement par les causes suivantes.

1. Les excès d’azote dans les milieux aquatiques et l’accroissement des teneurs en bicarbonates sont la conséquence de l’intensification des pratiques agricoles

2. Les contaminations multiples par des produits phytosanitaires, des biocides et les substances actives issues des médicaments vétérinaires

3. Une part sans doute non négligeable de ces contaminations trouve aussi son origine au sein de la filière bois par le biais des traitements des grumes en forêt et en scierie, mais aussi dans les utilisations domestiques (insecticides en poudre, en aérosol, biocides en tout genre, produits de traitement des bois d’oeuvre...).

4. La collecte et le traitement des eaux usées ne sont pas impliqués au premier chef dans les contaminations azotées mais présentent des marges de progression pour réduire leurs contributions aux apports de substances toxiques et de bouffées de phosphore dans les cours d’eau

5. Une contamination par des concentrations parfois très élevées d’hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) lourds non solubles existe à l’échelle du bassin versant dans les différents types de prélèvements analysés et notamment dans les particules fines (sédiments et matières en suspension).

6. La nature karstique du substratum et le positionnement en tête de bassin accroît la vulnérabilité des cours d’eau, vis à vis des contaminants chimiques qui peuvent être transférés des sols vers les eaux et transportés très rapidement au sein des masses d’eau.

7. Les modifications physiques des cours d’eau et les altérations de la végétation de bordure – réduite et artificialisée – dégradent les habitats des poissons et des communautés vivant au fond et constituent des facteurs aggravants.

Source

Commentaires
On notera que le bassin de la Haute Loue (jusqu'à la confluence avec la Furieuse) compte 50 ouvrages transversaux, cf bilan du SAGE 2013. Ceux-ci ne sont pas signalés dans l'étude des chercheurs francs-comtois comme faisant obstacle à la présence de salmonidés ou réchauffant les eaux au-delà de la limite de tolérance de ces espèces.

Déjà dans sa thèse célèbre soutenue en 1973 et faisant suite à 10 ans d'observations et mesures sur ces cours d'eau au moment des Trente Glorieuses, l'hydrobiologiste Jean Verneaux ne mentionnait nullement des ruptures de pentes, habitats ou températures comme un facteur de disparition des salmonidés. En revanche, il pontait déjà la disparition des taxons polluo-sensibles. Les travaux conduits sous la direction François Degiorgi et  Pierre-Marie Badot n'isolent pas non plus l'ouvrage transversal comme problème, en tout cas majeur. Les altérations morphologiques notables sont des incisions de lit par extraction de matériaux et chenalisation d'évacuation rapide de crue, des pertes de ripisylves et des bienfaits associés (zones tampon, déchets de bois en lit).

Les rivières comtoises ont été jusque dans les années 1950 des spots très réputés en France et en Europe de pêche à la mouche. Des ouvrages présents depuis un à six siècles n'avaient en rien empêché cette richesse faunistique. On se trompe de combat, on divise les riverains, on dilapide l'argent rare de l'écologie  et on détourne l'attention publique à harceler et démanteler les ouvrages hydrauliques anciens au lieu de traiter les pollutions. Il est bien dommage qu'une partie du lobby pêche agisse en complice de cette impasse, alors que des ouvrages bien gérés sont des facteurs utiles pour la gestion des eaux, surtout en période de changement hydroclimatique et de multiplication des assecs meurtriers pour toute la faune.

Référence disponible : François Degiorgi, Pierre-Marie Badot (2020), Étude de l’état de santé des rivières karstiques en relation avec les pressions anthropiques sur leurs bassins versants. Bilan synthétique des opérations réalisées et des recherches et analyses effectuées et disponibles.

Du tritium dans les rivières bourguignonnes et comtoises (Eyrolle et al 2018)

Un groupe de chercheurs vient de montrer que les rivières du bassin rhodanien contiennent du carbone 14 et du tritium "technogéniques", c'est-à-dire issus des activités humaines. En l'occurrence des centrales nucléaires, mais aussi des industries horlogères, qui usaient du tritium comme matière radioluminescente déposée sur les éléments de l'affichage horaire et permettant leur lecture dans l'obscurité. La Tille, l'Ognon, le Doubs, la Loue montrent des concentrations localement élevées. Pas d'affolement, car ces dépôts sédimentaires de faible activité ne semblent pas radiotoxiques au plan sanitaire pour l'homme. Mais cette contamination rappelle que nos rivières actuelles reflètent un lourd héritage industriel dont les effets retard sont loin d'être tous compris. Aussi qu'il vaut toujours mieux analyser des sédiments avant de les remobiliser dans le cas d'un effacement d'ouvrage, ce que les préfectures négligent bien trop souvent. 

Frédérique Eyrolle et ses collèges (IRSN, Université Rouen-Normandie) résument ainsi les principales découvertes issues de leurs travaux :

"Le tritium (3H) et le carbone 14 (14C) sont des radionucléides d'origine naturelle (cosmogénique) qui ont également été introduits dans l'environnement par l'homme depuis le milieu du siècle dernier. Ce ne sont donc pas seulement des composés qui ont été récemment libérés dans l'environnement et ils ne constituent pas une menace sanitaire reconnue en raison de leur faible radiotoxicité. Cependant, ils occupent une place importante parmi les préoccupations actuelles car ils sont déversés dans l'environnement par l'industrie nucléaire en grande quantité par rapport à d'autres radionucléides. Ces deux radionucléides intègrent en partie la matière organique au cours des processus métaboliques (c'est-à-dire la photosynthèse) conduisant à des formes organiquement liées que l'on peut trouver dans les sédiments. 

Les analyses du tritium organiquement lié (OBT) réalisées sur les sédiments du Rhône et de ses affluents indiquent un marquage tritium significatif et historique des particules sédimentaires tout au long du Rhône, ainsi que dans plusieurs affluents du nord, notamment l'Ognon et la Tille (affluents de la Saône), le Doubs et la Loue (affluent du Doubs) et la rivière Arve. Les niveaux enregistrés (de 10 à plus de 20 000 Bq/L) sont très probablement liés à la présence de particules tritiées synthétiques (tritium technogène), utilisées autrefois dans les ateliers d'horlogerie. Bien que les niveaux globaux de contamination diminuent du nord au sud dans le bassin versant du Rhône et s'estompent avec le temps, en raison notamment de la décroissance radioactive du tritium, cette source de contamination du tritium technogène dans les bassins versants du Rhône n'est pas négligeable. 

Les analyses de carbone 14 montrent que les sédiments du Rhône affichent généralement des niveaux de 14C proches des valeurs de référence atmosphériques (231 Bq·kg-1 de C en 2015) voire plus basses dans la plupart des cas, et présentent un marquage sporadique et faible près des installations nucléaires. Les niveaux bas du 14C dans les sédiments du Rhône sont très probablement liés aux contributions solides des affluents drainant des zones riches en matière organique fossile, donc dépourvues de 14C."

Cette carte donne le niveau de concentration du tritium organiquement lié dans le bassin rhodanien, où l'on observe notamment les plus fortes concentrations en tête de bassin bourguignonne et comtoise.

Extrait d'Eyrolle et al 2018, art cit, droit de courte citation

Et les auteurs concluent :

"Dans le Rhône, la présence de tritium sous forme organique de composés synthétiques (tritium technogène) comme le carbone organique fossile devrait modifier les taux d'assimilation du tritium et du carbone 14 dans la chaîne alimentaire. Les composés synthétiques et le carbone fossile sont peu biodégradables. Les voies d'introduction et les taux d'assimilation de ces deux composants pour les organismes aquatiques devraient différer de ceux associés classiquement à des formes organiquement liées aux matières organiques naturelles (pour le tritium) et à celles associées au carbone organique biosphérique (pour le 14C), ce qui augmente les conséquences potentielles sur les taux effectifs d'assimilation par la chaîne alimentaire. Une analyse plus détaillée de ces composés organiques, notamment ceux présents dans le bassin versant du Rhône, permettrait de mieux comprendre les processus de transfert du tritium et du 14C dans les différents composants environnementaux abiotiques et biologiques et l'estimation de l'étiquetage environnemental nucléaire dans les cours d'eau mondiaux."

Discussion
Même si les quantités concernées par le travail de Frédérique Eyrolle et de ses collègues ne représentent pas un risque aiguë de radiotoxicité, leur recherche rappelle la contamination diffuse des rivières à l'âge industriel, par toutes sortes de composés synthétiques issus des activités humaines. Cette tendance s'est renforcée à l'époque de la "grande accélération" (Steffe et al 2015), depuis les années 1950, dont les rivières actuelles sont les héritières. La meilleure compréhension de ces pollutions et contaminations est indispensable pour juger correctement des causes cumulées et enchevêtrées de dégradations biologiques observées sur certains cours d'eau, et faire les choix susceptibles de restaurer un bon niveau de biodiversité. Subsidiairement, cet héritage industriel est parfois oublié des gestionnaires actuels… mais pas des sédiments qui en gardent la mémoire! Quand des projets d'effacement de barrage avec remobilisation des sédiments sont planifiés, la vérification de leur composition chimique devrait être une stricte obligation posée par les préfectures. Ce point est trop souvent négligé, hélas (voir aussi Howard et al 2017).

Référence : Eyrolle F et al (2018), A brief history of origins and contents of Organically Bound Tritium (OBT) and 14C in the sediments of the Rhône watershed, Science of The Total Environment, 643, 1, 40–51

Loue et rivières comtoises: situation complexe, données médiocres, zone d'ombre sur la pêche

A la suite des épisodes de mortalité de truites et ombres observés depuis une dizaine d'années sur les rivières karstiques de Franche-Comté, les chercheurs du conseil scientifique du bassin rhodanien ont publié un rapport faisant le bilan critique des connaissances sur la Loue. Ce rapport prend acte des évolutions dégradées des poissons et invertébrés depuis les années 1970, en soulignant le caractère systémique du phénomène et la complexité des explications possibles. Les scientifiques y sont sévères sur la mauvaise qualité et la mauvaise disponibilité des données environnementales. Ils soulignent par ailleurs que la pêche ne saurait être exonérée d'une étude de ses propres impacts. Car ces rivières étant des coins réputés pour les pêcheurs à la mouche, venant depuis des décennies de la France entière pour y traquer les truites, on ne peut exclure que la souche virulente du parasite tuant les salmonidés ait été diffusée d'un bassin l'autre par ces pratiques. Malgré l'absence de résultats tangibles sur les pollutions chimiques, la prudence des chercheurs sur les causes de dégradation et la nécessité d'enquêter sur le rôle des pratiques halieutiques, ce lobby pêcheur préfère aujourd'hui lancer plusieurs campagnes de pression pour casser des ouvrages hydrauliques sur le Dessoubre et le Doubs. Notre association saisira les autorités préfectorales afin qu'aucune piste de recherche ne soit écartée, que les citoyens soient pleinement informés des conclusions scientifiques, que les pêcheurs répondent comme les autres usagers d'un strict contrôle de la police de l'environnement et que l'argent public ne soit pas dilapidé sur des chantiers assez mineurs pour la qualité de l'eau, mais délétères pour la préservation du patrimoine historique et paysager.

Le lobby de la pêche a entamé ces derniers temps une campagne pour détruire des ouvrages hydrauliques sur les rivières comtoises. Nous y reviendrons dans des articles dédiés au seuil Fleurey sur le Dessoubre et au barrage du Theusseret sur le Doubs franco-suisse. Mais ce lobby est-il le mieux placé pour donner aux autres usagers des leçons de sauvegarde de la qualité des eaux et de l'intégrité des milieux? Ses propres pratiques sont-elles irréprochables? L'examen de la Loue, rivière comtoise très étudiée depuis quelques années, permet d'émettre quelques réserves à ce sujet.

Depuis 2009, des mortalités de truites et d'ombres ont été observées sur plusieurs rivières comtoises : le Doubs franco-suisse, la Sorne, la Loue, la Bienne, le Dessoubre. Cela a motivé la création d'un collectif (SOS Loue et rivières comtoises) en large partie connecté au milieu des pêcheurs (voir la liste des membres du collectif). Car ces rivières au cadre magnifique sont, depuis l'après-guerre, des coins très réputés pour la pêche des salmonidés à la mouche. C'est aussi là que l'hydrobiologiste Jean Verneaux, récemment décédé et figure appréciée des milieux halieutiques, avait fait sa thèse dans les années 1960-70, et développé ses travaux sur les indicateurs de qualité de l'eau. Pour les assemblages piscicoles, la méthode de Verneaux consistant à construire une "typologie théorique" assez rigide des peuplements (approche discutable, voir cet article) reste aujourd'hui utilisée dans certains travaux par l'Agence française de la biodiversité (ancien Onema, ancien Conseil supérieur de la pêche) comme par des fédérations de pêche.

Autant dire que les rivières comtoises sont, tout comme les fleuves à saumons de la façade atlantique, des cours d'eau possédant cette forte dimension halieutique en arrière-plan. Une réalité qu'il faut avoir à l'esprit pour bien interpréter aujourd'hui le jeu des acteurs, et comprendre pourquoi certaines dégradations comme certaines dimensions des rivières soulèvent davantage d'attention que d'autres.

Un rapport scientifique pointe la pluralité des facteurs dans la dégradation de la Loue
Concernant les mortalités observées sur la Loue, et l'état général de cette rivière, le conseil scientifique du comité de bassin Rhône-Méditerrannée a publié un rapport en juillet 2015 (voir référence et lien en bas d'article). Sauf erreur, on ne le trouve pas sur le site de la préfecture du Doubs dans le label de "Conférence Loue et rivières comtoises" qui est censé rassembler toutes les données pertinentes. Au demeurant, plusieurs travaux sur le rivières comtoises ne sont pas non plus disponibles sur ce répertoire (certains ont la mauvaise habitude de faire financer leurs analyses sur argent public, mais de ne pas les mettre en libre accès pour les citoyens).

Ce rapport scientifique de 2015 est intéressant parce que ses auteurs sont scientifiques et indépendants des acteurs régionaux de Franche-Comté, ce qui inclut l'ex Onema, les services techniques des fédérations de pêche ou ceux des EPTB. Les chercheurs ont souligné le caractère multifactoriel des évolutions de la rivière et des causes possibles de son altération. Parmi les faits mis en avant :

• changement climatique avec hausse tendancielle des températures, de 1 à 1,5°C depuis 40 ans (impliquant de toute façon des glissements typologiques dans les populations de la rivière),
• pas de changement hydrologique en tendance lissée, mais la possibilité de trouver des variations de phénomènes extrêmes (étiages) ou de régime de crues,
• régime karstique au fonctionnement mal connu dans le détail, qui accroît le transferts des nutriments par les sols,
• divers changements des usages des sols et activités, pollutions diffuses (agriculture avec les épandages, sylviculture et scierie avec le traitement du bois, stations d'épuration et assainissement non collectif défaillants) mais sans qu'il soit généralement possible d'obtenir un traçage convaincant de la source de pollution à la dégradation soupçonnée,
• contamination chimique par les pesticides organophosphorés et pyrethrénoïdes, HAP, résidus médicamenteux, mais sans référentiel efficace pour en apprécier l'importance et l'évolution,
• disparition tendancielle des invertébrés aquatiques les plus polluosensibles, en particulier sur les zones aval,
• variation des populations de poissons par diverses causes (introductions, modifications des habitats, évolution de l’eutrophisation, présence de pathogènes, changement climatique), avec pour la Loue une baisse des densités de truites et chabots, mais une hausse des ombres,
• effet des seuils et barrages (ce point étant peu développé car n'ayant pas connu d'évolution notable depuis plusieurs décennies, ce qui n'implique pas pour autant l'absence d'impact en synergie avec d'autres phénomènes).

Une approche systémique est indispensable…
Au final, les chercheurs soulignent que les évolutions de la Loue ont un caractère systémique dans un contexte d'impacts multiples :

"L’expertise a montré qu’en raison des nombreux facteurs susceptibles d’intervenir sur le fonctionnement écologique de la Loue, il était nécessaire de mettre en place une démarche systémique de la rivière, de manière à prendre en compte aussi bien les paramètres physiques, chimiques et biologiques, que les aspects économiques et sociaux. Il faut pour cela s’inscrire dans le temps long et s'appuyer sur des travaux d'analyse rétrospective.
En effet, le fonctionnement de la Loue est perturbé par les activités humaines depuis de très nombreuses années (au moins depuis les années 70). Les causes ont très probablement évolué depuis cette période, la nature des polluants déversés n’est probablement pas la même.
Des changements plus globaux sont intervenus à partir de la fin des années 80 : ils ont modifié le climat (hausse des températures les plus basses), le fonctionnement du karst, le régime thermique de la rivière et les peuplements floristiques et faunistiques, en particulier les poissons. Ces modifications globales changent la manière dont s’expriment les désordres fonctionnels de la rivière; ils augmentent sa vulnérabilité aux pressions que la rivière subit : pollutions par les nutriments et les micropolluants ; conséquences des modifications d’habitats liées aux barrages et seuils, à l’absence ou à la rareté de la ripisylve ; conséquences sanitaires de la gestion et des pratiques halieutiques sur la santé des poissons, etc."

Ce caractère multifactoriel des pressions reste assez flou à ce stade, ce qui ne satisfait pas toujours ceux qui voudraient accuser telle ou telle pratique (les épandages pourtant interdits de lisier en hiver, les stations d'épuration dont les mesures montrent la défaillance, les effets morphologiques et thermiques des ouvrages hydrauliques, etc.). C'est pourtant une réalité : on ne peut pas analyser avec rigueur un phénomène sans d'abord le mesurer et sans mesurer aussi bien l'ensemble des facteurs pouvant le produire, afin de parvenir à des explications satisfaisantes. Or, c'est là que le bât blesse.

…mais les données sont incomplètes, disparates, opaques
Le rapport du Conseil scientifique se montre très sévère sur le grand bazar régnant sur les données. Chaque opérateur semble dépenser l'argent public pour analyser ce qui l'intéresse, il n'y a pas de séries de données suffisantes pour étudier sur la longue durée l'ensemble des impacts, les résultats ne sont même pas banacarisés et déposés sur des bases publiques… Notre association a parfois la plus grande difficulté à se voir transmettre des travaux qui ont pourtant été financés sur argent public, mais on voit que même les scientifiques sont dans ce cas!

Les chercheurs du conseil scientifique écrivent ainsi :

"C’est un point majeur : pour une analyse systémique, il faut disposer de toutes les informations sur les matériels et les méthodes, des résultats bruts, etc... pour donner un avis vraiment raisonné sur les résultats des travaux de recherche et sur leur utilisation pour aider la prise de décision.
Actuellement, l’accès aux données est très difficile et ne permet pas une information suffisante propice aux échanges au sein des instances scientifiques chargées d’animer et de piloter la recherche sur la rivière. Une organisation plus performante est possible, comme l’atteste l’exemple des lacs alpins (cf. le paragraphe gouvernance).
La mise à disposition des données est obligatoire selon la convention d’Aarhus et on ne peut pas comprendre que des sommes importantes soient consacrées par la collectivité à des mesures dont les résultats ne sont pas rendus publics.
Cela implique tout d’abord de rassembler toutes les données et rapports existants sur un portail commun accessibles à tous. Il s’agit là d’une étape essentielle, à la fois pour capitaliser tous les efforts déjà réalisés dans ce domaine, mais aussi pour permettre une expertise scientifique plus satisfaisante de ces travaux. Ainsi, à partir d’expertises scientifiques collégiales, on pourra dégager des mesures opérationnelles de restauration dont la nécessite aura été clairement établie, tout au moins au regard des critères de la science."

Au passage, ils égratignent aussi l'usage non critique des référentiels anciens (utilisation des données Verneaux des années 1970 par l'AFB ex-Onema) :

"On ne peut faire l’économie d’une réflexion sur la notion de référentiel auquel les données contemporaines sont comparées. Dans son avis de 2012, le conseil scientifique du comité de bassin avait proposé de compléter le jeu de données pour évaluer les conditions de référence actuelles, considérant que les références historiques n’étaient plus pertinentes compte tenu de l’évolution d’un écosystème sous influence des effets des changements globaux. Deux considérations devraient prévaloir, la première de recourir préférentiellement à des analyses de tendances sur des séries, en essayant de repérer des points de rupture, de croissance ou de décroissance et de tenter de les comprendre et de les expliquer, la deuxième de trouver des moyens en cas de mobilisation de référentiels d’en maîtriser et d’en documenter la dynamique temporelle" 

La pêche est-elle indemne de toute responsabilité? Zones d'ombre autour du parasite Saprolegnia
Le conseil scientifique du bassin rhodanien a aussi pointé dans ce rapport le fait que la pêche tend à s'exonérer de toute responsabilité et n'est pas incluse dans la réflexion collective sur les causes des problèmes et les moyens d'y remédier :

"L’activité halieutique n’est pas incluse dans les pistes de réflexion pouvant expliquer les phénomènes (problèmes sanitaires qui pourraient venir des piscicultures – ex : saprolègnes, manipulation des poissons par les pêcheurs, consignes pour la pratique du no kill et ses incidences sur la structure des populations de truite et d’ombres, etc ... ). Les associations de pêche font des efforts de communication dans ce domaine et diffusent des recommandations, qui ne sont peut être pas toujours très bien comprises et/ou entendues (notamment sur les risques de transport du champignon Saprolegna). Les pathogènes sont cités parmi les causes possibles de mortalités, mais il n’existe pas (ou peu) de travaux sur les développements de pathogènes en lien avec l’évolution des températures qui peut affecter les défenses immunitaires des organismes."

Le rapport s'étonne également au passage que l'on trouve des truites arc-en-ciel dans la rivière, ce qui indique des pratiques d'empoissonnements dont on n'a pas forcément le suivi rigoureux au plan sanitaire et écologique.

En 2012, les chercheurs suisses ont identifié une souche virulente d'un parasite, Saprolegnia parasitica, souche qu'ils estiment responsable des surmortalités.  L’Université de Neuchâtel, chargée par l’Office fédéral de l’environnement OFEV d’analyser l’organisme, observait ainsi dans un communiqué :

"Grâce à des techniques de biologie moléculaire, les chercheurs ont mis en évidence deux populations distinctes de Saprolegnia. La première semble peu virulente et sa variabilité génétique laisse penser qu'il s'agit d'une population résidente, établie dans le milieu naturel depuis longtemps. La seconde  population correspond à Saprolegnia parasitica, souche hautement virulente. Dans les trois rivières étudiées, tous les poissons malades étaient infectés par la même souche de Saprolegnia parasitica. On peut donc considérer que le pathogène constitue une population clonale, c'est-à-dire issue d'un seul et même clone".  (...) 

"L'origine de la contamination est difficile à déterminer. Les vecteurs potentiels sont nombreux. L'agent pathogène aurait pu être introduit dans le milieu naturel via les bottes d'un pêcheur ou d'un promeneur, via un canoë ou aboutir dans les eaux par le biais d'autres activités humaines (par ex. utilisation de poissons d'appâts vivants, introduction d'espèces exotiques, exploitation agricole). Lassaâd Belbahri, spécialiste de  ces organismes et qui a dirigé cette recherche, n'exclut pas l'hypothèse selon laquelle le pathogène profiterait de s'attaquer aux poissons déjà affaiblis ou stressés: «Le genre Saprolegnia inclut aussi bien des pathogènes opportunistes, habituellement peu virulents, mais pouvant le devenir si les poissons sont affaiblis, que des espèces très virulentes». Le Saprolegnia qui se développe dans le Doubs, la Loue et la Sorne aurait également pu se transformer en une forme agressive suite à des modifications de l'environnement ou pour d'autres raisons inconnues."

Voici quelques mois, notre association avait écrit aux acteurs de la Loue pour poser une question simple : a-t-on vérifié sur toutes les truites malades dans les rivières comtoises de la partie française (Loue, Bienne, Dessoubre) si la souche responsable de la mortalité est la même que celle identifiée par les chercheurs suisses?

La question était simple, la réponse ne le fut pas. Ni l'Onema ni le CGEDD (ayant produit un rapport d'orientation) ne disposait d'information à ce sujet, renvoyant à des laboratoires d'analyse – la proportion même des mortalités n'est pas bien établie et fait l'objet d'un suivi depuis 2015 seulement, ce qui demandera plusieurs années pour évaluer sa fréquence réelle et ses variations naturelles. Nous n'avons pas davantage trouvé d'investigations sur les souches de contamination au Saprolegnia dans le compte-rendu de la dernière Conférence (2016) de suivi de la Loue. Il est curieux que les gestionnaires suisses aient désigné une piste précise sans que leurs collègues français ne l'ait vérifiée (ne serait-ce que pour l'écarter de manière certaine, si la cause est ailleurs). Espérons que ce point sera clarifié dans de prochaines analyses, car la concomitance des surmortalités récentes et la ressemblance des symptômes suggèrent évidemment la possibilité d'un pathogène émergent ayant été transmis d'une vallée à l'autre.

Conclusion: ouvrir les vrais débats, disposer des bonnes connaissances 
Dans sa thèse de 1973 sur les rivières de Franche-Comté, l'hydrobiologiste Jean Verneaux faisait déjà état d'une dégradation des cours d'eau par les pollutions chimiques. Depuis cette époque, les populations originelles de ces rivières ont continué de se transformer, et souvent de se dégrader. Les causes en sont nombreuses. Il y a des facteurs globaux, notamment le changement climatique et hydrologique qui est de toute façon appelé à modifier la répartition comme la structure des zones à truites et à ombres. Il y a aussi toutes sortes de pressions locales. Pour faire les bons choix d'action, il faut déjà de bons modèles de pression, capables d'expliquer ce qui fait et ce qui ne fait pas régresser les espèces d'intérêt, ce qui provoque et ne provoque pas les surmortalités observées de salmonidés. Egalement de bons modèles d'évolution de la rivière, car la Loue de 2100 ne sera de toute façon pas celle que l'on connaît aujourd'hui.

Il faut aussi poser des objectifs ayant du sens, étant partagés par tous les acteurs, représentant des coûts proportionnés aux bénéfices. Le retour de la Loue et des rivières comtoises à leur état antérieur aux Trente Glorieuses (a fortiori d'avant la Révolution...) ne paraît pas une option réaliste. De même, l'optimisation des conditions de vie de certaines populations de poissons en vue de satisfaire un usage (pêche) est parfois présentée comme la visée principale de l'action: or, ce n'est ni le seul enjeu de biodiversité ni le seul attrait du territoire – à l'heure où le tourisme pêche s'est internationalisé et où beaucoup préfèrent désormais chercher en Europe du Nord ou de l'Est des rivières encore très peu impactées, gardons-nous de parier sur des flux touristiques mirobolants liés à ce loisir, comme cela fut promis à tort sur la Touques.

Sur ces rivières (comme d'autres), le lobby pêcheur se montre particulièrement remuant et vindicatif dans certains de ses supports de communication : il distribue avec suffisance les bons et les mauvais points, il désigne avec quelque certitude les impacts à traiter (sur argent public, bien sûr), il engage maintenant campagne pour casser des ouvrages anciens. Ce lobby est mal placé pour jouer le rôle d'arbitre qu'il s'attribue (avec hélas la complaisance laxiste de l'Etat): la pêche elle-même fait partie des usages ayant un impact sur les rivières comtoises, et les données techniques rassemblées par le monde halieutique n'obéissent pas à des méthodologies qui permettraient d'établir efficacement des rapports de causes à effets. Que les pêcheurs s'occupent donc d'améliorer et surveiller leurs pratiques, que la connaissance et la surveillance environnementales soient confiées à des instances parfaitement indépendantes de ce loisir, de ses intérêts particuliers et de ses biais cognitifs dans l'analyse des rivières. L'écologie doit gagner en rigueur et en efficacité si l'on veut produire des diagnostics incontestables, traiter les impacts majeurs pesant sur la qualité de l'eau, retrouver des rivières saines, pour les humains comme pour la faune et la flore.

Référence : Conseil scientifique du comité de bassin Rhône-Méditerrannée (2015), L’état de la Loue: avis sur les recherches et les études menées sur la rivière et son bassin versant, 29 p.

Illustration : source de la Loue, Arnaud 25, domaine public ; la Loue à Port-Lesney, Barnett, CC BY-SA 3.0.