Échantillonnage intensif des poissons sur le Rognon (Le Pichon et al 2017)

Avant d'intervenir sur une rivière à des fins écologiques, comment faire un diagnostic assez complet pour identifier des déséquilibres, estimer leur gravité et proposer des objectifs de résultats? Cette question manque souvent de réponse convaincante aujourd'hui, soit parce que le diagnostic est manquant ou rudimentaire, soit parce que la gravité n'est pas objectivée, soit encore parce qu'il y a désaccord sur l'intérêt à agir. Une équipe de chercheurs Irstea et Université de Washington (Seattle) a procédé à un échantillonnage spatialement intensif des poissons d'une petite rivière (le Rognon) de tête de bassin à l'Est de Paris (Seine-et-Marne). On présente ici l'intérêt de la méthode et quelques résultats. Ces derniers montrent dans le cas étudié une répartition assez homogène de la richesse spécifique malgré la présence d'obstacles à l'écoulement. Et des discontinuités de densités pour certaines espèces spécialisées, phénomène assez prévisible dont la gravité reste à établir si l'on veut construire un consensus social pour l'action. 

L'échantillonnage spatialement intensif (spatially intensive sampling ou SIS) consiste à réaliser des pêches électriques de poissons sur des petites surfaces (10 m2) mais sur un grand nombre de points de mesure dans un cours d'eau. Céline Le Pichon et ses collègues ont utilisé cette technique sur une rivière de tête de bassin du bassin de Seine, le Rognon. C'est un affluent de l'Orgeval ou ru des Avenelles (affluent du Grand Morin, puis de la Marne, puis de la Seine). Le bassin versant est rural (1% de zones urbanisées) à dominante agricole (81% de l'usage de sols). Le Rognon compte notamment deux étangs de pêche, l'un créé en 1990 et l'autre datant du XVIIe siècle.

Le Rognon a donc été analysé par SIS sur un linéaire de 5 km, avec prise en compte des obstacles (ponceaux et piliers de ponts, déversoirs et seuils de moulin ou d'étang). Au total, 264 mesures espacées de 20 m ont été réalisées, sur une campagne de 3 jours.

Le tableau ci-dessus (cliquer pour agrandir) montre la population totale des poissons selon les espèces (15 au total), très largement dominée par le chabot (Cottus gobio), le vairon (Phoxinus phoxinus) et la loche franche (Barbatula barbatula). Les espèces benthiques sont indiquées en gras.

On voit sur le graphique ci-dessus la répartition de la richesse spécifique totale (de 0 à 7 espèces) sur le linéaire, selon que les espèces sont rhéophiles (gris foncé) ou non rhéophiles (gris clair). Les obstacles sont indiqués par des points noirs sur l'axe horizontal. Les deux étangs (pond) sont signalés, l'astérisque indique l'absence de relevé disponible.

Ce 2e graphique montre la répartition (à échelle fine à gauche et lissée à droite) de trois espèces de poissons, le chabot (a et d), la loche franche (b et e), le vairon (c et f). On voit qu'il existe des discontinuités spatiales, et des abondances plus fortes tantôt à l'amont ou à l'aval selon les espèces.

Les auteurs procèdent également à des analyses spatiales plus approfondies (spectre de puissance en ondelettes) que nous ne détaillons pas ici.

Discussion
Une question souvent posée dans la gestion écologique de rivières est celle de la réalité des impacts sur le vivant et des objectifs d'évolution des populations que l'on se donne en traitant les impacts. Plutôt que des relevés ponctuels par pêche électrique à plusieurs passages sur une grande surface, l'échantillonnage spatialement intensif utilisé par Céline Le Pichon et ses collègues donne une vue d'ensemble des populations et de leur répartition sur tout le profil d'un cours d'eau ou d'un tronçon. C'est évidemment une analyse plus fine, qui en l'occurrence a identifié des espèces rares qu'une précédente pêche "classique" n'avait pas relevées.

Une autre option, encore expérimentale, consiste à utiliser l'ADN environnemental et le metabarcoding : un échantillon de matériel génétique circulant dans l'eau est prélevé, amplifié et comparé à des bases de données pour identifier les espèces présentes. Un travail français récent a montré tout l'intérêt de cet outil (voir le travail de Civade et al 2016 sur le lac Aiguebelette et la rivière Tier). L'enjeu nous paraît surtout important pour réaliser à terme des diagnostics de biodiversité totale des cours d'eau, non limités aux poissons, puisque le metabarcoding permet aussi bien d'analyser la présence d'insectes, crustacés, oiseaux, mammifères, etc. donc de donner une image beaucoup plus complète du vivant aquatique et riverain.

Concernant la rivière étudiée par Céline Le Pichon et ses collègues, les résultats nourrissent notre scepticisme sur la manière dont le gestionnaire peut ensuite les exploiter sur le Rognon.

Certes, le relevé montre des discontinuités, mais elles paraissent assez mineures, n'empêchant pas la présence des espèces les plus fréquentes à divers points du court linéaire. De même, la présence d'espèces non rhéophiles (brème, perche, tanche, brochet, anguille) peut être considérée comme une "altération" ou une "dégradation" (termes employés par les auteurs) si l'on pose un état naturel non anthropisé du cours d'eau comme référence, mais si l'on considère inversement le cours d'eau comme un hydrosystème anthropisé de longue date, sa biodiversité pisciaire acquise paraît moins problématique. Pourquoi et comment une rivière devrait-elle conserver toujours le même peuplement? Si des habitats artificiels présentent moins d'espèces ou des espèces différentes des habitats non (ou moins) modifiés, en quoi est-ce un enjeu? Accepte-t-on finalement une diversité de faciès et d'espèces, ou prétend-on imposer une vision normative de ce que seraient des "bons" faciès et des "bonnes" espèces que chaque rivière, chaque tronçon, chaque station devrait avoir? On voit que l'on peut vite dériver vers des postures intenables, tant au plan de leur construction épistémologique que de leur coût économique et de leur acceptabilité sociale.

Un programme de restauration physique de ce cours d'eau devrait ainsi exposer aux citoyens quels objectifs il vise précisément et in fine quels services ces objectifs rendent. Faire varier des densités ou des répartitions locales de poissons peut intéresser des spécialistes en ichtyologie, mais on voit mal pour notre part l'importance de l'enjeu écologique ou la réalité des bénéfices aux riverains. Il est par exemple douteux que les riverains informés de ce genre de résultats considèrent que des surdensités de limnophiles ou sous-densités de rhéophiles représentent un problème tel qu'il justifierait la dépense d'argent public pour la suppression des étangs, seuils ou déversoirs. D'autant que les autres espèces de la faune et de la flore du Rognon ne sont pas étudiées, donc l'état réel de sa biodiversité reste pour sa majeure partie inconnu, même après ce diagnostic plus détaillé des seuls poissons.

Référence : Le Pichon C et al (2017), Spatially intensive sampling by electrofishing for assessing longitudinal discontinuities in fish distribution in a headwater stream, Fisheries Research, 185, 90-101

Illustrations : extraites de l'article cité, droit de courte citation.

A lire en complément
A quoi ressemblent les bénéfices réels de la continuité en rivières ordinaires? (Tummers et al 2016)
Suivi d’un effacement d’ouvrage sur le Bocq: quel bilan après quelques années? (Castelain et al 2016)
Pour quelques (petits) poissons rhéophiles de plus (Schmutz et al 2015)

Détruire le seuil Fleurey sur le Dessoubre: intérêt général ou intégrisme halieutique?

Va-t-on désormais casser des seuils de moulins car il n'y a pas assez de truites sur quelques centaines de mètres? Pour convaincre de la soi-disant nécessité de détruire les ouvrages hydrauliques anciens du Dessoubre, la fédération de pêche du Doubs et le bureau d'études Teleos ont réalisé une analyse à la demande du syndicat de rivière. La retenue du seuil Fleurey et un site témoin à l'amont sont comparés. Résultat: même score de qualité pour l'indice poisson rivière, même score de qualité pour l'indice biologique global normalisé… seules changent les densités locales des espèces analysées. Mais les auteurs de l'étude et promoteurs de la destruction affirment que ces résultats triviaux justifient la casse de l'ouvrage, voire des lourds travaux de réméandrage. Cet intégrisme est inadmissible: l'argent public n'a pas à être dépensé pour des variations mineures de peuplements biologiques, dont on croit comprendre que le but ultime est d'avoir un peu plus de truites pour les hameçons des pêcheurs. De plus, malgré de lourdes dépenses depuis 20 ans, le niveau de concentration des nitrates et phosphates n'a pas sensiblement changé à l'exutoire du Dessoubre par rapport aux données de 1990. Sur cette rivière comme ailleurs, il faut donc ré-examiner de toute urgence la rationalité et l'efficacité de nos dépenses pour l'eau. Et surtout cesser le jeu de coulisse des lobbies militant pour le sacrifice du patrimoine historique, de l'agrément paysager et du potentiel énergétique, au nom d'objectifs dont les coûts sont manifestement disproportionnés aux bénéfices et aux services rendus pour les citoyens.

Le Dessoubre est une rivière comtoise coulant dans les plateaux calcaires du Jurassique. Cet affluent du Doubs est long de 33 km. Il est réputé depuis plusieurs décennies dans le milieu pêcheur et apprécié pour les activités de plein air de sa vallée (spéléo, randonnée, etc.). Comme bien d'autres rivières des régions karstiques, le Dessoubre connaît des problèmes de pollution, qui ont été attribués à l'activité agricole (élevage) et aux fromageries, ainsi qu'aux assainissements défaillants. En 2014, une forte moralité de truites y a également été observée, comparable à celle ayant affecté d'autres rivières comtoises (voir cet article).

Des premiers rapports voici 30 ans, une action réelle mais peu efficace sur les pollutions
La dégradation du Dessoubre n'est pas une problématique nouvelle (sur l'ancienneté des pollutions, voir cet article du CPEPESC de Franche-Comté et cet article du blog de la Loue par exemple). Dès les années 1980, en raison notamment de l'importance du Dessoubre pour le loisir de la pêche à la mouche, des analyses ont été produites. On peut signaler l'important rapport Recherche des sources potentielles de pollutions issues du bassin versant du Dessoubre (Conseil supérieur de la pêche appelé à devenir Onema, Fédération des APPMA du Doubs, octobre 1988) suivi par une analyse des dynamiques de pollutions (1991, Conseil général), de deux volumineux rapports d'étape (1993, 1996) sur le bassin versant du Dessoubre (publiés eux aussi sous la direction du Conseil général du Doubs). Un premier "plan de sauvetage" est lancé dans les années 1990, qui sera poursuivi par un plan de développement durable dans les années 2000.

Des investissements ont été consentis sur les stations d'épuration et le non-collectif tout au long des années 1990, 2000 et 2010. Mais l'examen des données montre que leur efficacité reste très relative aujourd'hui.

Ainsi, les relevés récents pour la directive cadre européenne (DCE) à la station de surveillance de Saint-Hippolyte (téléchargeables ici) montrent que les nitrates (NO3) se situent encore entre 5 et 14 mg/l, dépassant couramment les 10 mg. Or, ces valeurs sont tout à fait comparables à celles qui étaient détaillées (sur la même station) dans le rapport d'analyse de 1991 par le Conseil général. Il en va de même pour le phosphore total et pour les phosphates (PO4), qui se situent pour ces derniers entre 0,02 et 0,13 mg/l dans les relevés récents, soit des  valeurs toujours identiques (et parfois supérieures) à la fourchette de 0,05 à 0,08 mg/l observée dans les campagnes de mesures des années 1989-1990 figurant dans le rapport 1991 du Conseil général.

Les valeurs attendues sur des rivières non polluées de la région seraient de 0,02 mg/l pour les phosphates et de 2 à 4 mg/l pour les nitrates. La charge de nutriments en excès, entraînant notamment une prolifération d'algues filamenteuses, reste donc un problème actuel. Comme des millions d'euros ont déjà été dépensés pour améliorer ce compartiment, cela pose la question des objectifs qu'il est réaliste d'atteindre, des sources de ces excès de nutriments et de la qualité de la préparation des choix écologiques sur les rivières.

Malgré les pollutions, l'état DCE de la rivière est bon pour l'écologie, mais mauvais pour la chimie
Les données DCE disponibles pour le contrôle de la qualité écologique et chimique du Dessoubre (station de Saint-Hippolyte, quelques kilomètres à l'aval de Fleurey) indiquent sur les quatre années les plus récentes (2013-2016) que les invertébrés et les diatomées sont en très bon état, les poissons et les macrophytes en bon état, au final que l'état écologique de la masse d'eau est considéré comme bon.

En revanche, l'état chimique du Dessoubre mesuré à cette station est mauvais : contaminations au Benzo(b)fluoranthene, Benzo(k)fluoranthene, Benzo(g,h,i)perylene, Fluoranthene (hydrocarbures aromatiques polycycliques).

Ces mesures DCE sont faites sur une seule station pour toute la rivière, de manière ponctuelle, et elles ne reflètent donc pas de manière correcte l'état réel de l'ensemble de la masse d'eau. De plus, comme nous l'avons vu, les niveaux de nitrates et phosphates restent élevés : cela n'empêche pas le bon état écologique au sens de la DCE mais cela ne signifie pas que la rivière est à son optimum.

Néanmoins, ces mesures correspondent à nos obligations vis-à-vis de l'Europe, et comme l'argent public disponible pour l'eau est très inférieur aux dépenses nécessaires pour l'ensemble des besoins, la logique commanderait d'agir en priorité sur les masses d'eau qui sont déjà en mauvais état écologique DCE (pas le cas du Dessoubre) ou alors d'agir sur le facteur déclassant qui est ici le mauvais état chimique. Mais aucun plan pour sortir de ce mauvais état chimique n'est avancé. Et l'allocation des ressources semble surtout se faire en fonction du lobbying de certaines parties prenantes, notamment les pêcheurs qui souhaitent mobiliser les fonds publics sur les rivières et les espèces qui leur sont chères.

Après une lutte insuffisante contre la pollution, le nouveau dada: continuité écologique
Dans les rapports anciens (années 1980 et 1990) que nous avons pu consulter, la continuité écologique n'est nullement mentionnée comme un problème majeur pour le Dessoubre. Plus récemment, dans le cadre du plan de restauration de la continuité écologique lancé en 2009 et du classement des rivières de 2012-2013, l'attention s'est portée sur la morphologie des rivières, et plus particulièrement sur la continuité longitudinale, avec la question des seuils et barrages.

Le Dessoubre est, comme tant d'autres, une vallée aménagée de longue date par l'homme, avec encore 16 ouvrages hydrauliques sur le cours principal de la rivière (33 km), 6 autres sur le premier affluent (Reverotte, 12 km). Le nombre de ces ouvrages hydrauliques est en régression tendancielle par rapport à l'âge d'or des moulins et usines à eau, qui se situe au XIXe siècle.

Le seuil Fleurey est un ancien moulin situé non loin de la confluence du Dessoubre avec le Doubs (où se situe la station de Saint-Hyppolyte mentionnée ci-dessus). Il a déjà été étudié dans le cadre de stage de l'Ecole polytechnique de Lausanne (EPFL) en 2009. L'idée d'aménagement n'est donc pas nouvelle. Mais elle soulève des objections : une conférence donnée à l'AG de la fédération de pêche du Doubs en 2016 fait état de "discussions avec des propriétaires réticents et opposition des pêcheurs". Comme d'habitude, la continuité écologique rencontre des résistances spontanées face auxquelles l'administration, le syndicat et la fédération de pêche essaient de forcer la main des propriétaires et riverains (pression réglementaire lié au classement, pression financière liée aux subventions avantageuses en cas d'arasement ou dérasement, pression argumentaire des "sachants" avec les études comme celle que nous commentons ci-après).

Afin de convaincre les décideurs du bien-fondé de l'effacement des ouvrages, la fédération de pêche et le bureau d'études Teleos ont réalisé une analyse sur le site de Fleurey à la demande du Syndicat mixte d’aménagement du Dessoubre et de la valorisation du bassin versant (une structure créée en 2012). Ce site avait été désigné avec 3 autres à l'aval comme prioritaire à l'aménagement.

Variations mineures entre la retenue du moulin et le site témoin, états écologiques DCE identiques
Le principe de cette étude menée en 2015 a consisté à comparer le peuplement de la retenue du seuil de Fleurey avec une station témoin à 1400 m du seuil (en aval de Moricemaison), non impactée au plan morphologique.

Que nous disent les résultats ?

• il y a davantage d'espèces aujourd'hui que dans la mesure de Verneaux en 1970 (trois espèces apparues, blageon, chevesne et lamproie de Planer, cette dernière étant une espèce protégée au niveau européen, contrairement à la truite commune, et plus abondante dans la retenue du moulin);
• la mesure de qualité piscicole DCE (indice poisson rivière IPR) est sensiblement la même, 7,75 (classe bonne) pour la station Fleurey et 7,87 (classe bonne) pour la station témoin (l'IPR est même un peu meilleur sur le site du moulin);
• la diversité des espèces de poissons est sensiblement la même, 7 espèces à Fleurey et 8 au témoin, avec paradoxalement l'espèce plus banale (chevesnes) dans le milieu moins impacté;
• la mesure de qualité invertébrés (IBGN) est également comparable, avec une note de 17/20 pour le site témoin contre 16/20 pour le site Fleurey;
• la variété générique est dans les mêmes ordres de grandeur (46 genres pour le site témoin contre 41 pour le site Fleurey en état DCE, 51 contre 43 avec les prélèvements MAG20);
• la biomasse piscicole est moins importante sur la station Fleury (78 kg/ha versus 185 kg/ha);
• de même, il existe un facteur 2 de différence sur le nombre d'invertébrés par m2, en défaveur de la retenue;
• ces variations sont attribuées à la moindre diversité morphologique de la retenue

Pour ce qui est de la température, sur les périodes les plus chaudes, on note un écart variant de 0,8 °C à 3,3 °C en fonction des conditions hydrologiques et météorologiques. Le maximum atteint en aval est de 22°C, ce qui est dans la zone de stress de la truite (mais pas dans la zone létale). Le bureau d'études ne donne pas d'incertitude sur la mesure, et n'analyse pas la variation locale du champ thermique (qui est une réalité et qui permet aux poissons de se réfugier dans des zones plus fraîches comme le fond, les caches racinaires de berges exposées au nord, etc.). Par ailleurs et comme le relève cette fois le BE, tout le réchauffement ne peut être imputé au seuil (la température s'accroît quand l'altitude baisse et selon de nombreux facteurs comme la végétation, les affluents, les échanges avec la nappe, etc.).

Les mesures faites sont incomplètes, aucun engagement de résultat n'est proposé, les dimensions autres que l'écologie sont ignorées
Au final, le résultat nous paraît clair : les états écologiques des deux stations sont très comparables pour les peuplements étudiés (même IPR, même IBGN, sensiblement les mêmes populations), on est simplement en présence d'une variation locale de densité des espèces. Il n'y a donc pas matière à désigner la retenue du moulin comme posant un problème écologique grave.

Encore ces données devraient-elles être pondérées par plusieurs observations et analyses complémentaires:

• une estimation des populations totales réelles dans les deux stations serait utile. En effet, l'étude de 2015 ne précise pas quelle est la superficie habitable pour les espèces d'intérêt. Le compte-rendu 2016 par la fédération de pêche montre (pour s'en plaindre) que la largeur du lit est plus importante dans la zone de la retenue par rapport à la zone témoin. Mais cela signifie que la superficie totale en eau est augmentée, ce qui pondère la moindre densité surfacique (il y a moins de poissons et d'invertébrés à l'hectare, mais davantage d'hectares); 
• l'analyse a été faite sur une seule campagne, ce qui est insuffisant. Le rapport piscicole réalisé sur l'état initial Dessoubre 2009 comporte ainsi une information intéressante sur la variabilité des populations. Il s'agit de 3 mesures réalisées au même endroit (Consolation-Maisonnettes) en 2006 et 2009. Si les biomasses (kg/ha) sont sensiblement comparables, les structures de populations sont très différentes pour les mesures prisées à la même période (octobre 2006 et octobre 2009): les populations de chabots varient d'un facteur 10, et celles de truites d'un facteur 2. Il serait donc intéressant de répéter les mesures à Fleurey et au site témoin sur plusieurs années pour voir si l'on observe des variations, notamment dans la structure des peuplements; 
• il serait aussi utile de contrôler les populations à certaines périodes critiques comme les étiages, parfois sévères sur les rivières karstiques. La présence d'une lame d'eau plus profonde dans la retenue a-t-elle alors valeur de refuge pour des espèces du Dessoubre? On ne doit pas seulement faire une photographie des sites à un instant donné, mais comparer l'intérêt des habitats à différentes conditions de vie des poissons au cours de l'année;
• l'étude ne dit rien non plus du reste de la biodiversité (les poissons n'en représentent que 2% pour mémoire), donc on ignore s'il existe des espèces inféodées au système retenue-chute (avifaune par exemple);
• les changements climatiques ne sont pas pris en compte : l'aval du Dessoubre sera-t-il toujours une zone à truites et à ombre en 2100 en raison de l'évolution du régime thermique et hydrologique? Risque-t-on d'optimiser la gestion de la rivière pour des espèces cibles qui en profiteront peu finalement? Les étiages déjà sévères risquent-ils de s'aggraver et la suppression des opportunités de retenues locales est-elle la meilleure option à échelle des prochaines décennies?

Se pose par ailleurs la question de la réplicabilité du lien entre morphologie et biomasse ailleurs qu'au Fleurey. La précédente étude piscicole (2009) avait mesuré la variation de biomasse piscicole du Dessoubre de la source à la confluence, en lien avec l'indice d'attractivité morphologique (IAM). Or le résultat est loin d'être convaincant, comme le montre le graphique ci-dessus. On voit que les biomasses (courbe bleue) ne sont pas du tout corrélées à l'IAM, avec des valeurs faibles de biomasse pour une bonne morphologie (stations D1 ou D8) et inversement des valeurs fortes de biomasse pour une "mauvaise" morphologie ou supposé telle (D2, D10, D11, D12).

En conclusion: que veut-on sacrifier pour passer de 10.000 à 20.000 truites ?
Dans l'étude de 2009 de la population de truite du Dessoubre, la fédération de pêche observait : "En intégrant les résultats stationnels à l’échelle du tronçon considéré, l’estimation du stock de truites capturables en place au moment des investigations 2009 est d’environ 10500 individus (ordre de grandeur plus qu’un chiffre précis compte-tenu de la complexité du milieu). Le stock théorique estimé dans le cadre du PDPG (GAGEOT, 2000) devrait de son côté dépasser les 25000 poissons".

Ces chiffres résument finalement bien l'enjeu : il y a des truites dans le Dessoubre mais, de l'avis de pêcheurs et par rapport à ce que serait la population "théorique" d'une rivière totalement naturelle (sans impact humain), il n'y en a pas assez. Les causes de cette sous-population sont loin d'être connues en détail : le changement climatique rend le Dessoubre (comme toutes les rivières de piémont) de moins en moins favorables aux truites; les pollutions sont toujours présentes, malgré des mesures prises depuis 20 ans; les barrages et seuils modifient les habitats, mais depuis longtemps ; et pourquoi pas aussi la pression de pêche, ancienne et soutenue sur ces rivières comtoises qui sont des "spots" réputés pour les pêcheurs à la mouche, mais pression fort peu étudiée (notamment car le service instructeur de connaissance de l'environnement n'est autre que l'ancien conseil supérieur de la pêche, regrettable anomalie faisant peser une suspicion permanente de confusion entre l'écologie aquatique et le seul angle halieutique).

Alors que sur le dernier quart de siècle on a déjà engagé sur le Dessoubre des millions d'euros d'investissements écologiques pour des résultats assez peu probants, la volonté de dépenser à nouveau des sommes considérables pour la continuité doit faire débat. On ne parle pas ici de lutter contre des pollutions – ce qui a d'autres avantages que le seul bien-être des truites –  mais de la destruction irrémédiable du patrimoine hydraulique de la vallée avec les paysages des retenues et de chutes qu'offre ce patrimoine.

Au-delà, il est temps de s'interroger sur les méthodes d'évaluation et les objectifs de la politique de l'eau. Projeter les populations biologiques de la rivière sur une base théorique (ce qu'elle serait en l'absence de la moindre influence anthropique) n'a guère de sens: cette influence accompagne l'histoire des vallées, et elle sera toujours là dans les décennies et siècles à venir, ne serait-ce que par l'effet du changement climatique qui modifiera les conditions écologiques globales. De même, aligner les enjeux riverains sur les attentes des pêcheurs (qui modifient eux-mêmes les milieux et sont en dernier ressort des prédateurs de certaines espèces dites menacées) n'est pas durable : on doit entendre les avis de ce loisir, qui est légitime et qui a toujours été important dans la vie des rivières, mais on n'a pas à céder à des exigences qui dépassent le bon sens, nuisent à d'autres usages ou attentes, dépensent un argent public pouvant être plus utilement employé ailleurs. Enfin, les moulins et usines à eau représentent un patrimoine apprécié des rivières, ainsi qu'un potentiel énergétique dont le développement est favorisé dans le cadre de la transition bas-carbone.

Au regard des faibles justifications apportées au plan écologique et de l'indifférence manifeste pour plusieurs enjeux relevant eux aussi de l'intérêt général, nous nous opposerons à la destruction du seuil Fleurey et des autres ouvrages du Dessoubre.

Références
Fédération de pêche (2011), Etude de l’état des peuplements piscicoles du réseau hydrographique du Dessoubre. Définition d’un état initial (2009), 103 p.
Fédération de pêche 25 (2016), Etude de l’impact du barrage de Fleurey, présentation lors de l'AG du 29 octobre 2016
Schlunke D et al (2015), Impact de la présence de seuils artificiels sur la qualité écologique du Dessoubre. Exemple: Fleurey. Expertise réalisée pour le compte du Syndicat mixte d’Aménagement du Dessoubre, 37 p.

Illustrations : photographies, en haut, seuil Fleurey, DR ;  scierie de Plaimbois-du-Miroir, dans la haute vallée du Dessoubre, JGS25, CC BY-SA 3.0; graphiques extraits des rapports cités, droit de courte citation.

Hausse des ventes de pesticides malgré la baisse de la surface agricole

L'usage des pesticides a continué d'augmenter sur la période 2009-2015 et se maintient donc à un niveau élevé en France. Ce mauvais résultat signale l'échec du plan Ecophyto 1 et la persistance d'une forte pression sur beaucoup de bassins versants.  

Le plan Ecophyto 1 (adopté en 2008) promettait une division par deux de l'usage des pesticides à l'horizon 2018. Les derniers chiffres du Ministère montre que l'on en est loin, puisque les ventes totales ont continué d'augmenter entre 2009 et 2015 alors même que la surface agricole utile diminuait sur la période. Quatre graphiques permettent de comprendre les données essentielles.

Les surfaces traitées en 2015 ont légèrement baissé par rapport à 2009 (27,0 versus 27,2 millions d'hectares), mais les ventes de pesticides ont dans l'ensemble augmenté.

La fréquence de traitement des principales cultures se révèle soit identique, soit supérieure en 2014 par rapport à 2011 (années de contrôle).

La présence de pesticides dans les cours d'eau a en revanche connu une amélioration, à la notable exception des insecticides néocotinoïdes (qui augmentent de 15%). Ce sont les herbicides qui ont la tendance à la baisse la plus marquée (interdiction du diuron et de l'acétochlore).

La carte détaillée des tendances dans les cours d'eau montre cependant des situations très variables, avec des bassins où la pression a continué d'augmenter sur la période récente 2009-2015.

Rappelons que les cours d'eau et bassins versants, dont la morphologie avait souvent été modifiée déjà de longue date, ont connu ces cinquante dernières années une pression sans précédent liée à la pollution chimique des nutriments (nitrates, phosphates) et des contaminants (pesticides, déchets industriels et domestiques, médicaments, etc.), cela alors que les prélèvements d'eau sur les milieux naturels ont augmenté au cours de la même période. Même pour les pressions ayant connu des améliorations (phosphates) ou des stabilisations (nitrates), on reste aujourd'hui à des niveaux de concentration supérieurs à ce qu'ils étaient avant les années 1960. La difficulté de la France à traiter cette question de la pollution chimique obère l'efficacité de ses actions sur les milieux aquatiques et la lisibilité de sa politique publique en la matière.

Référence : CGDD (2017), Pesticides : évolution des ventes, des usages et de la présence dans les cours d’eau depuis 2009, 4 p.

A lire également
Pesticides: le retard français (Hossard et el 2017)
Les effets des pesticides en rivières sont-ils sous-estimés ? (Stehle et Schulz 2015)

Loue et rivières comtoises: situation complexe, données médiocres, zone d'ombre sur la pêche

A la suite des épisodes de mortalité de truites et ombres observés depuis une dizaine d'années sur les rivières karstiques de Franche-Comté, les chercheurs du conseil scientifique du bassin rhodanien ont publié un rapport faisant le bilan critique des connaissances sur la Loue. Ce rapport prend acte des évolutions dégradées des poissons et invertébrés depuis les années 1970, en soulignant le caractère systémique du phénomène et la complexité des explications possibles. Les scientifiques y sont sévères sur la mauvaise qualité et la mauvaise disponibilité des données environnementales. Ils soulignent par ailleurs que la pêche ne saurait être exonérée d'une étude de ses propres impacts. Car ces rivières étant des coins réputés pour les pêcheurs à la mouche, venant depuis des décennies de la France entière pour y traquer les truites, on ne peut exclure que la souche virulente du parasite tuant les salmonidés ait été diffusée d'un bassin l'autre par ces pratiques. Malgré l'absence de résultats tangibles sur les pollutions chimiques, la prudence des chercheurs sur les causes de dégradation et la nécessité d'enquêter sur le rôle des pratiques halieutiques, ce lobby pêcheur préfère aujourd'hui lancer plusieurs campagnes de pression pour casser des ouvrages hydrauliques sur le Dessoubre et le Doubs. Notre association saisira les autorités préfectorales afin qu'aucune piste de recherche ne soit écartée, que les citoyens soient pleinement informés des conclusions scientifiques, que les pêcheurs répondent comme les autres usagers d'un strict contrôle de la police de l'environnement et que l'argent public ne soit pas dilapidé sur des chantiers assez mineurs pour la qualité de l'eau, mais délétères pour la préservation du patrimoine historique et paysager.

Le lobby de la pêche a entamé ces derniers temps une campagne pour détruire des ouvrages hydrauliques sur les rivières comtoises. Nous y reviendrons dans des articles dédiés au seuil Fleurey sur le Dessoubre et au barrage du Theusseret sur le Doubs franco-suisse. Mais ce lobby est-il le mieux placé pour donner aux autres usagers des leçons de sauvegarde de la qualité des eaux et de l'intégrité des milieux? Ses propres pratiques sont-elles irréprochables? L'examen de la Loue, rivière comtoise très étudiée depuis quelques années, permet d'émettre quelques réserves à ce sujet.

Depuis 2009, des mortalités de truites et d'ombres ont été observées sur plusieurs rivières comtoises : le Doubs franco-suisse, la Sorne, la Loue, la Bienne, le Dessoubre. Cela a motivé la création d'un collectif (SOS Loue et rivières comtoises) en large partie connecté au milieu des pêcheurs (voir la liste des membres du collectif). Car ces rivières au cadre magnifique sont, depuis l'après-guerre, des coins très réputés pour la pêche des salmonidés à la mouche. C'est aussi là que l'hydrobiologiste Jean Verneaux, récemment décédé et figure appréciée des milieux halieutiques, avait fait sa thèse dans les années 1960-70, et développé ses travaux sur les indicateurs de qualité de l'eau. Pour les assemblages piscicoles, la méthode de Verneaux consistant à construire une "typologie théorique" assez rigide des peuplements (approche discutable, voir cet article) reste aujourd'hui utilisée dans certains travaux par l'Agence française de la biodiversité (ancien Onema, ancien Conseil supérieur de la pêche) comme par des fédérations de pêche.

Autant dire que les rivières comtoises sont, tout comme les fleuves à saumons de la façade atlantique, des cours d'eau possédant cette forte dimension halieutique en arrière-plan. Une réalité qu'il faut avoir à l'esprit pour bien interpréter aujourd'hui le jeu des acteurs, et comprendre pourquoi certaines dégradations comme certaines dimensions des rivières soulèvent davantage d'attention que d'autres.

Un rapport scientifique pointe la pluralité des facteurs dans la dégradation de la Loue
Concernant les mortalités observées sur la Loue, et l'état général de cette rivière, le conseil scientifique du comité de bassin Rhône-Méditerrannée a publié un rapport en juillet 2015 (voir référence et lien en bas d'article). Sauf erreur, on ne le trouve pas sur le site de la préfecture du Doubs dans le label de "Conférence Loue et rivières comtoises" qui est censé rassembler toutes les données pertinentes. Au demeurant, plusieurs travaux sur le rivières comtoises ne sont pas non plus disponibles sur ce répertoire (certains ont la mauvaise habitude de faire financer leurs analyses sur argent public, mais de ne pas les mettre en libre accès pour les citoyens).

Ce rapport scientifique de 2015 est intéressant parce que ses auteurs sont scientifiques et indépendants des acteurs régionaux de Franche-Comté, ce qui inclut l'ex Onema, les services techniques des fédérations de pêche ou ceux des EPTB. Les chercheurs ont souligné le caractère multifactoriel des évolutions de la rivière et des causes possibles de son altération. Parmi les faits mis en avant :

• changement climatique avec hausse tendancielle des températures, de 1 à 1,5°C depuis 40 ans (impliquant de toute façon des glissements typologiques dans les populations de la rivière),
• pas de changement hydrologique en tendance lissée, mais la possibilité de trouver des variations de phénomènes extrêmes (étiages) ou de régime de crues,
• régime karstique au fonctionnement mal connu dans le détail, qui accroît le transferts des nutriments par les sols,
• divers changements des usages des sols et activités, pollutions diffuses (agriculture avec les épandages, sylviculture et scierie avec le traitement du bois, stations d'épuration et assainissement non collectif défaillants) mais sans qu'il soit généralement possible d'obtenir un traçage convaincant de la source de pollution à la dégradation soupçonnée,
• contamination chimique par les pesticides organophosphorés et pyrethrénoïdes, HAP, résidus médicamenteux, mais sans référentiel efficace pour en apprécier l'importance et l'évolution,
• disparition tendancielle des invertébrés aquatiques les plus polluosensibles, en particulier sur les zones aval,
• variation des populations de poissons par diverses causes (introductions, modifications des habitats, évolution de l’eutrophisation, présence de pathogènes, changement climatique), avec pour la Loue une baisse des densités de truites et chabots, mais une hausse des ombres,
• effet des seuils et barrages (ce point étant peu développé car n'ayant pas connu d'évolution notable depuis plusieurs décennies, ce qui n'implique pas pour autant l'absence d'impact en synergie avec d'autres phénomènes).

Une approche systémique est indispensable…
Au final, les chercheurs soulignent que les évolutions de la Loue ont un caractère systémique dans un contexte d'impacts multiples :

"L’expertise a montré qu’en raison des nombreux facteurs susceptibles d’intervenir sur le fonctionnement écologique de la Loue, il était nécessaire de mettre en place une démarche systémique de la rivière, de manière à prendre en compte aussi bien les paramètres physiques, chimiques et biologiques, que les aspects économiques et sociaux. Il faut pour cela s’inscrire dans le temps long et s'appuyer sur des travaux d'analyse rétrospective.
En effet, le fonctionnement de la Loue est perturbé par les activités humaines depuis de très nombreuses années (au moins depuis les années 70). Les causes ont très probablement évolué depuis cette période, la nature des polluants déversés n’est probablement pas la même.
Des changements plus globaux sont intervenus à partir de la fin des années 80 : ils ont modifié le climat (hausse des températures les plus basses), le fonctionnement du karst, le régime thermique de la rivière et les peuplements floristiques et faunistiques, en particulier les poissons. Ces modifications globales changent la manière dont s’expriment les désordres fonctionnels de la rivière; ils augmentent sa vulnérabilité aux pressions que la rivière subit : pollutions par les nutriments et les micropolluants ; conséquences des modifications d’habitats liées aux barrages et seuils, à l’absence ou à la rareté de la ripisylve ; conséquences sanitaires de la gestion et des pratiques halieutiques sur la santé des poissons, etc."

Ce caractère multifactoriel des pressions reste assez flou à ce stade, ce qui ne satisfait pas toujours ceux qui voudraient accuser telle ou telle pratique (les épandages pourtant interdits de lisier en hiver, les stations d'épuration dont les mesures montrent la défaillance, les effets morphologiques et thermiques des ouvrages hydrauliques, etc.). C'est pourtant une réalité : on ne peut pas analyser avec rigueur un phénomène sans d'abord le mesurer et sans mesurer aussi bien l'ensemble des facteurs pouvant le produire, afin de parvenir à des explications satisfaisantes. Or, c'est là que le bât blesse.

…mais les données sont incomplètes, disparates, opaques
Le rapport du Conseil scientifique se montre très sévère sur le grand bazar régnant sur les données. Chaque opérateur semble dépenser l'argent public pour analyser ce qui l'intéresse, il n'y a pas de séries de données suffisantes pour étudier sur la longue durée l'ensemble des impacts, les résultats ne sont même pas banacarisés et déposés sur des bases publiques… Notre association a parfois la plus grande difficulté à se voir transmettre des travaux qui ont pourtant été financés sur argent public, mais on voit que même les scientifiques sont dans ce cas!

Les chercheurs du conseil scientifique écrivent ainsi :

"C’est un point majeur : pour une analyse systémique, il faut disposer de toutes les informations sur les matériels et les méthodes, des résultats bruts, etc... pour donner un avis vraiment raisonné sur les résultats des travaux de recherche et sur leur utilisation pour aider la prise de décision.
Actuellement, l’accès aux données est très difficile et ne permet pas une information suffisante propice aux échanges au sein des instances scientifiques chargées d’animer et de piloter la recherche sur la rivière. Une organisation plus performante est possible, comme l’atteste l’exemple des lacs alpins (cf. le paragraphe gouvernance).
La mise à disposition des données est obligatoire selon la convention d’Aarhus et on ne peut pas comprendre que des sommes importantes soient consacrées par la collectivité à des mesures dont les résultats ne sont pas rendus publics.
Cela implique tout d’abord de rassembler toutes les données et rapports existants sur un portail commun accessibles à tous. Il s’agit là d’une étape essentielle, à la fois pour capitaliser tous les efforts déjà réalisés dans ce domaine, mais aussi pour permettre une expertise scientifique plus satisfaisante de ces travaux. Ainsi, à partir d’expertises scientifiques collégiales, on pourra dégager des mesures opérationnelles de restauration dont la nécessite aura été clairement établie, tout au moins au regard des critères de la science."

Au passage, ils égratignent aussi l'usage non critique des référentiels anciens (utilisation des données Verneaux des années 1970 par l'AFB ex-Onema) :

"On ne peut faire l’économie d’une réflexion sur la notion de référentiel auquel les données contemporaines sont comparées. Dans son avis de 2012, le conseil scientifique du comité de bassin avait proposé de compléter le jeu de données pour évaluer les conditions de référence actuelles, considérant que les références historiques n’étaient plus pertinentes compte tenu de l’évolution d’un écosystème sous influence des effets des changements globaux. Deux considérations devraient prévaloir, la première de recourir préférentiellement à des analyses de tendances sur des séries, en essayant de repérer des points de rupture, de croissance ou de décroissance et de tenter de les comprendre et de les expliquer, la deuxième de trouver des moyens en cas de mobilisation de référentiels d’en maîtriser et d’en documenter la dynamique temporelle" 

La pêche est-elle indemne de toute responsabilité? Zones d'ombre autour du parasite Saprolegnia
Le conseil scientifique du bassin rhodanien a aussi pointé dans ce rapport le fait que la pêche tend à s'exonérer de toute responsabilité et n'est pas incluse dans la réflexion collective sur les causes des problèmes et les moyens d'y remédier :

"L’activité halieutique n’est pas incluse dans les pistes de réflexion pouvant expliquer les phénomènes (problèmes sanitaires qui pourraient venir des piscicultures – ex : saprolègnes, manipulation des poissons par les pêcheurs, consignes pour la pratique du no kill et ses incidences sur la structure des populations de truite et d’ombres, etc ... ). Les associations de pêche font des efforts de communication dans ce domaine et diffusent des recommandations, qui ne sont peut être pas toujours très bien comprises et/ou entendues (notamment sur les risques de transport du champignon Saprolegna). Les pathogènes sont cités parmi les causes possibles de mortalités, mais il n’existe pas (ou peu) de travaux sur les développements de pathogènes en lien avec l’évolution des températures qui peut affecter les défenses immunitaires des organismes."

Le rapport s'étonne également au passage que l'on trouve des truites arc-en-ciel dans la rivière, ce qui indique des pratiques d'empoissonnements dont on n'a pas forcément le suivi rigoureux au plan sanitaire et écologique.

En 2012, les chercheurs suisses ont identifié une souche virulente d'un parasite, Saprolegnia parasitica, souche qu'ils estiment responsable des surmortalités.  L’Université de Neuchâtel, chargée par l’Office fédéral de l’environnement OFEV d’analyser l’organisme, observait ainsi dans un communiqué :

"Grâce à des techniques de biologie moléculaire, les chercheurs ont mis en évidence deux populations distinctes de Saprolegnia. La première semble peu virulente et sa variabilité génétique laisse penser qu'il s'agit d'une population résidente, établie dans le milieu naturel depuis longtemps. La seconde  population correspond à Saprolegnia parasitica, souche hautement virulente. Dans les trois rivières étudiées, tous les poissons malades étaient infectés par la même souche de Saprolegnia parasitica. On peut donc considérer que le pathogène constitue une population clonale, c'est-à-dire issue d'un seul et même clone".  (...) 

"L'origine de la contamination est difficile à déterminer. Les vecteurs potentiels sont nombreux. L'agent pathogène aurait pu être introduit dans le milieu naturel via les bottes d'un pêcheur ou d'un promeneur, via un canoë ou aboutir dans les eaux par le biais d'autres activités humaines (par ex. utilisation de poissons d'appâts vivants, introduction d'espèces exotiques, exploitation agricole). Lassaâd Belbahri, spécialiste de  ces organismes et qui a dirigé cette recherche, n'exclut pas l'hypothèse selon laquelle le pathogène profiterait de s'attaquer aux poissons déjà affaiblis ou stressés: «Le genre Saprolegnia inclut aussi bien des pathogènes opportunistes, habituellement peu virulents, mais pouvant le devenir si les poissons sont affaiblis, que des espèces très virulentes». Le Saprolegnia qui se développe dans le Doubs, la Loue et la Sorne aurait également pu se transformer en une forme agressive suite à des modifications de l'environnement ou pour d'autres raisons inconnues."

Voici quelques mois, notre association avait écrit aux acteurs de la Loue pour poser une question simple : a-t-on vérifié sur toutes les truites malades dans les rivières comtoises de la partie française (Loue, Bienne, Dessoubre) si la souche responsable de la mortalité est la même que celle identifiée par les chercheurs suisses?

La question était simple, la réponse ne le fut pas. Ni l'Onema ni le CGEDD (ayant produit un rapport d'orientation) ne disposait d'information à ce sujet, renvoyant à des laboratoires d'analyse – la proportion même des mortalités n'est pas bien établie et fait l'objet d'un suivi depuis 2015 seulement, ce qui demandera plusieurs années pour évaluer sa fréquence réelle et ses variations naturelles. Nous n'avons pas davantage trouvé d'investigations sur les souches de contamination au Saprolegnia dans le compte-rendu de la dernière Conférence (2016) de suivi de la Loue. Il est curieux que les gestionnaires suisses aient désigné une piste précise sans que leurs collègues français ne l'ait vérifiée (ne serait-ce que pour l'écarter de manière certaine, si la cause est ailleurs). Espérons que ce point sera clarifié dans de prochaines analyses, car la concomitance des surmortalités récentes et la ressemblance des symptômes suggèrent évidemment la possibilité d'un pathogène émergent ayant été transmis d'une vallée à l'autre.

Conclusion: ouvrir les vrais débats, disposer des bonnes connaissances 
Dans sa thèse de 1973 sur les rivières de Franche-Comté, l'hydrobiologiste Jean Verneaux faisait déjà état d'une dégradation des cours d'eau par les pollutions chimiques. Depuis cette époque, les populations originelles de ces rivières ont continué de se transformer, et souvent de se dégrader. Les causes en sont nombreuses. Il y a des facteurs globaux, notamment le changement climatique et hydrologique qui est de toute façon appelé à modifier la répartition comme la structure des zones à truites et à ombres. Il y a aussi toutes sortes de pressions locales. Pour faire les bons choix d'action, il faut déjà de bons modèles de pression, capables d'expliquer ce qui fait et ce qui ne fait pas régresser les espèces d'intérêt, ce qui provoque et ne provoque pas les surmortalités observées de salmonidés. Egalement de bons modèles d'évolution de la rivière, car la Loue de 2100 ne sera de toute façon pas celle que l'on connaît aujourd'hui.

Il faut aussi poser des objectifs ayant du sens, étant partagés par tous les acteurs, représentant des coûts proportionnés aux bénéfices. Le retour de la Loue et des rivières comtoises à leur état antérieur aux Trente Glorieuses (a fortiori d'avant la Révolution...) ne paraît pas une option réaliste. De même, l'optimisation des conditions de vie de certaines populations de poissons en vue de satisfaire un usage (pêche) est parfois présentée comme la visée principale de l'action: or, ce n'est ni le seul enjeu de biodiversité ni le seul attrait du territoire – à l'heure où le tourisme pêche s'est internationalisé et où beaucoup préfèrent désormais chercher en Europe du Nord ou de l'Est des rivières encore très peu impactées, gardons-nous de parier sur des flux touristiques mirobolants liés à ce loisir, comme cela fut promis à tort sur la Touques.

Sur ces rivières (comme d'autres), le lobby pêcheur se montre particulièrement remuant et vindicatif dans certains de ses supports de communication : il distribue avec suffisance les bons et les mauvais points, il désigne avec quelque certitude les impacts à traiter (sur argent public, bien sûr), il engage maintenant campagne pour casser des ouvrages anciens. Ce lobby est mal placé pour jouer le rôle d'arbitre qu'il s'attribue (avec hélas la complaisance laxiste de l'Etat): la pêche elle-même fait partie des usages ayant un impact sur les rivières comtoises, et les données techniques rassemblées par le monde halieutique n'obéissent pas à des méthodologies qui permettraient d'établir efficacement des rapports de causes à effets. Que les pêcheurs s'occupent donc d'améliorer et surveiller leurs pratiques, que la connaissance et la surveillance environnementales soient confiées à des instances parfaitement indépendantes de ce loisir, de ses intérêts particuliers et de ses biais cognitifs dans l'analyse des rivières. L'écologie doit gagner en rigueur et en efficacité si l'on veut produire des diagnostics incontestables, traiter les impacts majeurs pesant sur la qualité de l'eau, retrouver des rivières saines, pour les humains comme pour la faune et la flore.

Référence : Conseil scientifique du comité de bassin Rhône-Méditerrannée (2015), L’état de la Loue: avis sur les recherches et les études menées sur la rivière et son bassin versant, 29 p.

Illustration : source de la Loue, Arnaud 25, domaine public ; la Loue à Port-Lesney, Barnett, CC BY-SA 3.0.

Autoconsommation: équiper les moulins, une solution d'avenir!

Le journal télévisé de France 2 (20 mars 2017) a publié un reportage sur les Français qui pratiquent l'autoconsommation énergétique, avec ou sans injection sur le réseau. L'occasion de découvrir comment on peut équiper un moulin, avec un bon temps de retour sur investissement. Cette voie est désormais soutenue par les appels d'offres du ministère de l'Environnement comme par la loi de transition énergétique et les ordonnances sur l'autoconsommation : des dizaines de milliers de sites pourraient être restaurés et équipés à terme. Une solution intelligente et constructive pour nos territoires, fidèle à la raison d'être des moulins et usines à eau, apportant une contribution modeste mais concrète à un mix énergétique plus durable et une atmosphère plus propre. Cet horizon est autrement plus désirable que la destruction de ce patrimoine hydraulique agrémentant par ailleurs le paysage des rivières françaises et témoignant de la longue histoire de leurs usages. Les propriétaires ont donc tout intérêt à préserver leurs ouvrages et leur droit d'eau, conditions nécessaires pour produire demain et, s'ils ne veulent pas produire eux-mêmes, pour vendre ou léguer un bien qui sera susceptible de le faire.